B’Sレコーダーで書き込み後コンペア中にキャンセルしてしまったのですが、これは問題ありますか?（書き込んだデータに影響はありますか?）

コンベアは焼きが完了した後に
「記録されたデータ」と「元データ」が完全に一致するかをテストしているだけですので、
途中キャンセルは問題無いと思います。