AviUtlでの作業を終えてVfapi Reader Codecで変換を行う際に、映像の変換がなされず音声のみのaviが出来上がってしまいますが、何か操作法を間違っているのでしょうか?

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参照形式なんで実際に圧縮やフィルタリングもまだ行なわれてない状態です。
Vfapi ReaderCodecはAviUtl等の出力結果を参照形式に変換して他の編集ソフトに渡すためのものです。
AviUtlのカット編集機能やフィルタリング機能をMpegエンコーダで使えるようにするためのプロセスです故、実際にプレイヤーで再生しようとしても参照形式Aviファイルは音しか出ません。
他のソフトで圧縮してやって始めて映像が出るようになります。